1935年（昭和10年）4月17日　福岡市に生まれる。北満　大分開拓団の小学校に入学。中学・高校は大分県日田市に過す。

1954年（昭和29年）東京大学入学　理学部生物学科を経て生物系大学院に進む。

1960年（昭和35年）学習研究社映画局入社。記録映画製作に従事する。

1968年（昭和43年）出版を機に学研退社、本格的な著作活動に入る。「われら動物みな兄弟」で第16回エッセイストクラブ賞受賞。

1971年（昭和46年）北海道厚岸郡の無人島に熊や馬を連れて移住。翌年、浜中町に移って「動物王国」を建国する。その後、動物たちとの心温まる交流を書き続け

1977年（昭和52年）第25回菊池寛賞を受賞。著書は「畑正憲作品集」「ムツゴロウの青春記」「ムツゴロウの動物交際術」など多数。

1986年（昭和61年）映画「子猫物語」を監督。21年間続いたテレビ番組「ムツゴロウとゆかいな仲間たち」でも活躍。

2003年（平成15年）訳書「輝ける日々」（ダニエル・スチィール）

2004年（平成16年）画集「ムツゴロウとゆかいな動物たち」

2006年（平成18年）「人という動物と分かりあう」ムツゴロウの世界動物紀行「南米・モーリシャス篇」「アフリカ篇」「ニュージーランド・中国篇」「アラスカ篇」「シルクロード篇」「インド・トルコ篇」

2007年（平成19年）「犬はどこから…そしてここへ」

2008年（平成20年）年一回銀座の画廊での個展も本年で25回目となる。